לימודי התואר השלישי
מסלול הלימודים לתואר השלישי פתוח לבוגרי תואר שני עם תזה או לבעלי דוקטורט מכל תחומי הלימוד האקדמיים. תלמידים המעוניינים בלימודי התואר השלישי במכון יפנו אל יועץ התואר השלישי של המכון (דרך המזכירות) או באופן ישיר אל אחד ממורי המכון. הסכמת אחד ממורי המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלת התלמיד/ה ללימודי התואר השלישי. כתיבת עבודת הדוקטורט תיעשה בליווי מנחה מטעם המכון, ותיתכן הנחייה משותפת עם מרצה ממוסד מוכר אחר להשכלה גבוהה בארץ או בחו"ל.
תלמידי מכון כהן נרשמים כתלמידים לתואר שלישי במסגרת אחד משלושה בתי ספר בפקולטה למדעי הרוח: ביה"ס להיסטוריה, ביה"ס לפילוסופיה, או ביה"ס למדעי התרבות, וזאת בהתאם לתחומי העניין שלהם ולנושא מחקרם. בנוסף להגשת עבודת הדוקטורט, חלות על התלמידים חובות שמיעה של 8 ש"ס לפחות, וזאת בהתאם להמלצת המנחה ויועץ המכון.
הסמינר מתודולוגי MA פתוח בפני תלמידי התואר השלישי. הניסיון המצטבר מראה שמדובר במקום מפגש פורה לתלמידי מחקר המתלבטים בקשיים דומים בהכנת עבודותיהם השונות, וכצומת חשוב לחילופי רעיונות והקנית הרגלי עבודה נכונים. מומלץ מאוד לקחת בו חלק פעיל.
לימודים לתואר שלישי במעמד מיוחד
תכנית זו מאפשרת לתלמידים בוגרי תואר שני, עם או בלי תזה, המבקשים להשלים את הכשרתם ולגבש נושא מחקר לקראת לימודים לתואר שלישי, להתקבל ללימודים במעמד של "מועמד לתלמיד מחקר". לתלמידים במעמד מיוחד נקבעת תכנית לימודים אישית על-ידי יועץ המכון ומנחה המחקר, שעליהם לסיים בתוך שנתיים. בנוסף, תלמידים שסיימו תואר שני ללא תזה יגישו בתום תקופה זו הצעת מחקר ועבודה שוות-ערך לעבודת גמר בתואר השני , בהדרכת מנחה הדוקטורט. כמו במסלול הרגיל לתואר השלישי, הסכמת אחד ממורי או מורות המכון לשמש כמנחה היא תנאי הכרחי לקבלה כתלמיד/ה מן המניין לתואר שלישי. הסכמה זאת תינתן באופן פורמלי רק לאחר השלמת תכנית הלימודים האישית שנקבעה למועמד/ת ועמידה בחובותיה. יחד עם זאת, מילוי החובות האקדמיות הכרוכות בתכנית אין בה כשלעצמה כדי להבטיח הסכמה כאמור.