קורונה, אנחנו יודעים מאיפה באת

Preface First

This is a debugging block

Preface Second

This is a debugging block

Preface Third

This is a debugging block

תוכן

This is a debugging block

ריצוף גנומי של נגיף הקורונה מאפשר התחקות אחרי המדינות שמהן הנגיף הגיע לישראל ואת מסלול ההדבקות בתוכה

חוקרים באוניברסיטת תל אביב בהובלת ד"ר עדי שטרן מהמחלקה למיקרוביולוגיה מולקולרית וביוטכנולוגיה בפקולטה למדעי החיים ע"ש ג'ורג' ס.וייז, ריצפו לראשונה את הגנום של נגיף הקורונה כפי שהוא מופיע בישראל. הריצוף איפשר לחוקרים לזהות מוטציות ספציפיות המעידות על שרשראות הדבקה ועל נתיבי תנועתו של הנגיף מחו"ל לישראל וממקום למקום בתוך המדינה.

 

המחקר מתבסס על ניתוח רצפים גנומים של מעל 200 חולים בישראל, ועל פריסה גיאוגרפית של בתי החולים בישראל, שיחד מהווים מדגם מייצג לכלל האוכלוסייה במדינה. המחקר פורסם באתר medRxiv לצורך שיתוף מיידי עם קהיליית המחקר העולמית.

 

ד"ר עדי שטרן מסבירה שווירוס הקורונה מאופיין בכך שהוא צובר מוטציות בצורה קצובה. מוטציות אלו לא משפיעות על הנגיף (הוא נשאר יציב, והאלימות שלו לא משתנה), אך מאפשרות להתחקות אחרי שרשרת ההדבקה ממדינה למדינה. למשל, בתחילת המגיפה בסין נוספה מוטציה אחת עד שתיים. נגיף עם מוטציה אחת כזו נדד לאירופה וצבר עוד מוטציות, ומשם לארה״ב וכן הלאה. לכן המוטציות מהוות סוג של ברקוד שמאפשר מעקב ממדינה למדינה.

 

התמונה המלאה של שרשרת ההדבקות

במסגרת המחקר החוקרים השוו את הרצפים הגנומים שנמצאו בקרב החולים בישראל ל-4,700 רצפים גנומים ממדינות שונות בעולם, וכך התקבלה התמונה המלאה של "שרשרת ההדבקות לתוך ישראל ובתוך ישראל".

 

מהמחקר עולה שיותר מ-70% מהחולים בישראל נדבקו בנגיף שמקורו בארה"ב, כלומר נשאים שנדבקו בארה"ב "והביאו" איתם את הנגיף לישראל. כמו כן, כמעט 30% מהחולים משתייכים ל"שרשראות הדבקה" שמקורן במדינות אירופה: בלגיה (כ-8%), צרפת (כ-6%), אנגליה (כ-5%), ספרד (כ-3%) , איטליה (כ-2%), אוסטרליה (כ-2%), פיליפינים (כ-2%), רוסיה (כ-2%). יצוין כי על אף שבכל הרצפים הגנומים מזהים את סין כנקודת הפתיחה, כמעט אין בישראל הדבקות שמקורן בסין או במדינות אסיה האחרות.

 

המחקר גם זיהה צבר של חולים שבהם הגנום היה זהה ב- 100%. המשמעות: חלק ניכר מהמגיפה בישראל היא תוצאה של חולים שהם ״super-spreaders״ שתרמו להדבקה המונית. הנתונים המתקבלים מהמחקר יכולים לסייע רבות למקבלי ההחלטות בסוגיות כמו הטלת סגר, פתיחת גבולות וכדומה.

 

"המעבדה שלי עוסקת באבולוציה וגנומיקה של נגיפים, ובין היתר אנחנו נעזרים בטכנולוגיה של ריצוף RNA/DNA. כשפרצה מגפת הקורונה התגייסנו, כמו מדענים בכל העולם, לחקר הנגיף המחולל אותה. הממצאים שלנו מעידים באופן מובהק כי עיקר שרשראות ההדבקה מקורן מארה"ב ומדינות אירופה. בראייה קדימה, יתכן שלהבא יש להקדים ולסגור את שערי המדינה מיד עם התפרצות של מגפה עולמית, ובכך להפחית בצורה משמעותית את האפשרויות של הנגיף לחדור לתוך ישראל".

 

המודל מתמטי-סטטיסטי להערכת מספר החולים

היבט נוסף של המחקר הוא פיתוחו של מודל מתמטי-סטטיסטי מורכב, שמסתמך על ריצופי הגנום כדי להעריך נתונים אפידמיולוגים מהמגפה. ראשית, המודל מראה שמקדם ההדבקה של הנגיף (כלומר מספר החולים שכל חולה הדביק) ירד משמעותית בעקבות הסגר. שנית, המודל הראה שיש שונות גדולה בין חולים במספר האנשים שכל חולה מדביק. בסופו של יום המודל מעריך שמעל 80% מההדבקות מקורן רק בכ-10% מהחולים או פחות. המשמעות היא שרוב ההדבקות בארץ קרו בגלל ״מדביקי-על״ (super-spreaders). לבסוף, נכון להיום, על סמך המודל והריצוף ניתן להעריך שלא יותר מ-1% מהאוכלוסייה בישראל נדבקו בנגיף, כלומר ישראל רחוקה מאוד מחסינות עדר.

 

לסיכום ד"ר שטרן מציינת: "במחקר שלנו ביצענו לראשונה ריצוף גנומי מאסיבי של נגיף הקורונה בישראל. לטכנולוגיה זו ולמידע שהיא מספקת יש חשיבות רבה להבנת הנגיף ואופן התפשטותו באוכלוסייה, כבסיס מדעי ואובייקטיבי לתהליכי קבלת החלטות ברמה המקומית והארצית. הנתונים המתקבלים מהמחקר יכולים לסייע רבות למקבלי ההחלטות בסוגיות כמו הטלת סגר, סגירת גבולות, איתור ובידוד של מדביקי-על, וכדומה. בכך תורם המחקר תרומה משמעותית להתמודדות עם מגיפת הקורונה בישראל, ויותר מכך: במחקר זה פיתחנו כלים שיאפשרו לנו להתמודד טוב יותר, בזמן אמיתי, עם ההתפרצות הבאה של הקורונה ו/או עם כל מגיפה אחרת שעלולה להופיע".

 

במחקר השתתפו: הסטודנטים למחקר דניאל מילר, נועם הראל, טליה קוסטין, עומר תירוש ומורן מאיר מאוניברסיטת תל אביב, וכן חוקרים מאוניברסיטת אמורי בארה"ב, ממכון גרטנר בשיבא, מהמכון הטכנולוגי חולון ומהמרכזים הרפואיים שיבא, אסותא אשדוד, הדסה עין כרם, פוריה, סורוקה וברזילי, וכן מרכז הגנום בטכניון.  

 

Postscript First

This is a debugging block

Postscript Second

This is a debugging block

Postscript Third

This is a debugging block

Postscript Fourth

This is a debugging block